服務介紹
針對各類RNA分子,例如mRNA/lncRNA的保守結構域及circRNA的接頭序列進行靶向設計siRNA序列,對于每條選定的siRNA靶序列,設計正義鏈和反義鏈,以loop(9nt or 10nt)相連,構建shRNA質粒直接轉染或通過病毒包裝后轉染細胞,并對轉染細胞進行陽性鑒定和轉代細胞株的培養,最終實現對特定RNA特異性敲低的作用。
干擾分子類型 | 載體名稱 | 抗性 | 熒光標記 | 應用 | ||
瞬轉細胞 | 包裝慢病毒 | 包裝腺相關AAV病毒 | ||||
mRNA/lncRNA/circRNA | pLV3-U6-shRNA-Negative-Control-CopGFP-Puro | AmpR/PuroR | GFP | √ | √ | × |
XM02 scAAV.U6.shRNA.CMV.EGFP.WPRE.SV40pA | AmpR | GFP | √ | × | √ |
技術優勢
1. shRNA載體轉染效率高、操作簡單、RNA沉默效果易于檢測;
2. 評估挑選特異靶向序列構建載體;
項目明細
1. 載體構建;
2. 瞬時轉染;
3. 特異性引物設計合成;
4. RT-qPCR驗證;
5. Sanger測序驗證。
客戶提供
1. 基因ID/物種/全長序列
2. 載體名稱
我們提供
1. shRNA質粒;
2. 目的載體:10μg質粒+200μL甘油菌;
3. 對照載體:10μg質粒+200μL甘油菌;
4. 載體構建與驗證實驗報告:
① 載體構建步驟;
② 載體測序驗證結果原始文件;
③ 細胞轉染實驗步驟;
④ qPCR實驗流程方案及產物測序;
⑤ 載體構建與驗證實驗報告。
案例1:
參考文獻:
Yang R, Chen H, Xing L, Wang B, Hu M, Ou X, Chen H, Deng Y, Liu D, Jiang R, Chen J. Hypoxia-induced circWSB1 promotes breast cancer progression through destabilizing p53 by interacting with USP10. Mol Cancer. 2022 Mar 29;21(1):88. doi: 10.1186/s12943-022-01567-z. PMID: 35351136; PMCID: PMC8961958.
參考文獻:
Chen DL, Sheng H, Zhang DS, Jin Y, Zhao BT, Chen N, Song K, Xu RH. The circular RNA circDLG1 promotes gastric cancer progression and anti-PD-1 resistance through the regulation of CXCL12 by sponging miR-141-3p. Mol Cancer.2021 Dec 15;20(1):166. doi: 10.1186/s12943-021-01475-8. PMID: 34911533; PMCID:PMC8672580.
1. circRNA 的沉默(干擾)怎么做?
基于RNAi技術對基因進行沉默,實驗中一般設計合成靶標基因的siRNA,瞬轉細胞后進行RT-PCR檢測。
外顯子來源的circRNA因為和mRNA有同樣的外顯子序列,在序列內部設計siRNA靶標無法保證特異性,因此只能針對junction位點處設計靶標序列,前后移動范圍有限,siRNA通常很難設計。EiciRNA或者內含子來源的環形RNA,除了針對junction位點處設計靶標外,也可以嘗試在內含子序列上設計。
2. 設計siRNA為什么不能連續G\C超過3個,連續A\T超過4個?
因為連續 3個以上的 G 和 C 可以降低雙鏈 RNA 的內在穩定性,從而抑制 RNAi 作用;連續 4個以上的 U 和 A 可能終止由 RNA Polymerase III 介導的轉錄。siRNA 序列中的重復序列或回文結構可能形成發夾狀結構,這種結構的存在可以降低 siRNA 的有效濃度和沉默效率。