服務介紹

RNA pull-down是檢測RNA結合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實驗手段之一。RNA pull-down標簽法原理：將RNA標簽（可產生特殊結構，與捕獲蛋白結合）引入circRNA中，通過捕獲蛋白結合circRNA上的標簽 ，實現捕獲蛋白/circRNA/RBPs/miRNA復合物產生；再通過捕獲蛋白抗體下拉復合物，對捕獲產物檢測，鑒定出可能與circRNA相互作用的蛋白或者RNA。

pull-down標簽法技術原理（以circRNA為例）

技術優勢

1. 通過基因過表達載體引入外源標簽，標簽與捕獲蛋白間的相互作用遠遠強于探針分子的捕獲作用，特異性更高；

2. 標簽的插入位置可靈活設計；

3. 不依賴于細胞內基因本底表達量，對細胞內表達豐度低的基因同樣適用。

客戶提供

1. 基因名稱（ID）、長度、序列、物種；

2. 指定載體名稱；

3. 實驗目的；

4. 預測結合位點信息；

5. 細胞和細胞相關信息。

我們提供

1. 詳細的circRNA pull-down完整實驗報告（包含載體構建、誘導表達、pull-down富集等）；

2. 帶標簽過表達質粒、不帶標簽過表達質粒、對照質粒（贈送）等；

3. 額外贈送（以下情況任選一）：質譜檢測2個樣本；pulldown產物3個以內miRNA qPCR檢測。

circRNA pull-down實驗分組

案例1

參考文獻：

Chen Z, Li Y, He K, Yang J, Deng Q, Chen Y, Fu Z. CircGPRC5A enhances colorectal cancer progress by stabilizing PPP1CA and inducing YAP dephosphorylation. J Exp Clin Cancer Res. 2023 Dec 6;42(1):334. doi: 10.1186/s13046-023-02915-7. PMID: 38057879; PMCID: PMC10698990.

案例2

參考文獻：

Yuan Y, Zhang X, Du K, Zhu X, Chang S, Chen Y, Xu Y, Sun J, Luo X, Deng S, Qin Y, Feng X, Wei Y, Fan X, Liu Z, Zheng B, Ashktorab H, Smoot D, Li S, Xie X, Jin Z, Peng Y. Circ_CEA promotes the interaction between the p53 and cyclin-dependent kinases 1 as a scaffold to inhibit the apoptosis of gastric cancer. Cell Death Dis. 2022 Sep 27;13(9):827. doi: 10.1038/s41419-022-05254-1. PMID: 36167685; PMCID: PMC9515085.

通過pull-down實驗將MS2-CP-MS2-circRNA復合物拉下來，WB檢測MS2-CP蛋白，RT-qPCR檢測目的circRNA的富集程度。

pull-down樣品分組

WB檢測結果

圖1 pull-down 前后樣本WB檢測結果（Flag抗體）

（1~8組分別對應pull-down實驗分組樣品編號）

RT-qPCR驗證pull-down富集效果

qPCR產物檢測hsa_circ_00AAAAA富集倍數

圖2 pull-down產物檢測hsa_circ_00AAAAA富集倍數

（1~8組分別對應pull-down實驗分組樣品編號）