轉錄是遺傳信息從DNA到RNA傳遞的關鍵步驟，也是RNA生物合成的最主要形式。轉錄因子（transcription factor）是一類能與基因5’端特定序列專一性結合，使目的基因以特定的強度在特定的時間與空間表達的蛋白質分子，是參與轉錄調控的關鍵因素之一。

染色質免疫沉淀（Chromatin immunoprecipitation，ChIP）是一種分析 DNA 與蛋白質相互作用的研究方法。它的基本原理是活細胞或新鮮組織經過交聯方式鎖定核蛋白（轉錄因子、DNA損傷修復蛋白、組蛋白或DNA修飾酶、讀取酶、去修飾酶等）與靶基因互作關系，再利用超聲波物理法或生物酶法使染色質片段化，最后用核蛋白的特異性抗體，通過免疫結合的方式富集核蛋白所結合的 DNA 片段。核蛋白結合DNA片段分離純化后，可以進行定量qPCR或高通量測序等分析。

ChIP技術原理圖

應用范圍

1. 驗證已知蛋白-DNA相互作用；

2. 研究轉錄因子的靶向基因及結合位點；

3. 研究DNA/RNA聚合酶、轉錄復合物在基因組上的作用位點；

4. 研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系。

產品優勢

① 胞內反應：使用抗體免疫沉淀胞內蛋白-DNA復合物，真實反應細胞生理狀態；

② 流程簡便：操作簡便；

③ 時間周期短：整個實驗流程<8h。

問：ChIP實驗完成之后，IP、IgG組別之間的CT值差異不大，是什么原因？

答：IP組CT值在28可能有以下幾種原因或之一：①樣本量不夠；②檢測基因非轉錄因子靶基因；③ 抗體效價低；④ 抗體非ChIP級別；⑤引物設計問題。

問：10e6的樣本量是否能夠開展ChIP實驗？

答：不推薦，受特定時期轉錄因子發生轉錄激活的幾率較低的影響，需要10e7細胞才能開展實驗。

問：ChIP實驗的陰陽性對照如何選擇，實驗是否陰陽性對照是必須的？

答：陰性靶基因可以選擇GAPDH或ACTB，但是陽性靶基因受細胞類型，生理狀態機藥物干預等因素影響，沒有辦法統一，推薦查閱文獻報道；推薦增加陰陽性對照檢測，但不必須。

問：ChIP產物濃度一般什么范圍？

答：ChIP產物總量及濃度受轉錄因子表達水平、靶基因數量及細胞狀態等諸多因素影響，所以沒有統一的標準，一般總量在1 ~ 200ng范圍內。

問：ChIP產物濃度較低，超微量分光光度計無法檢測，是實驗失敗了嗎？

答：ChIP產物總量及濃度受轉錄因子表達水平、靶基因數量及細胞狀態等諸多因素影響，產物總量一般較低，超微量分光光度計的檢測范圍在10 ~ 1000 ng范圍，超出檢測范圍就會無法檢測，推薦以qPCR檢測為準。

問：無ChIP級別抗體，IP級別抗體能否開展ChIP實驗？

答：IP級別抗體理論上可以開展ChIP實驗，建議實驗前先經過CoIP驗證抗體能否工作；

問：關鍵設備是什么，超聲破碎步驟是否必須，有探頭與無探頭的超聲破碎儀如

何選擇？

答：基因組需要經超聲打斷后方可開展染色質免疫共沉淀，有探頭與無探頭的超聲破碎儀主要的區別在于工作功率，前者功率明顯高于后者，推薦的工作功率為500 ~ 900范圍。

問：CUT-Tag與ChIP技術如何做選擇？

答：兩種技術都是用于轉錄因子的靶基因研究，差異在于①基因組打斷的方式前者為么酶切打斷，后者為超聲波打斷，沒有超聲波破碎儀的可以選擇前者；② CUT-Tag打斷與建庫同步，操作更簡便；③ChIP實驗中抗體結合轉錄因子體系較大，非特異性較低。

問：Input樣本qPCR的Ct值在28以上正常嗎？

答：不正常，10e7細胞的樣本量，標準的實驗結果Ct值在 20 ~ 24范圍，如果超出范圍可能得原因是①細胞數量不夠；② 細胞活性低；③回收失敗；需要重新實驗。

問：磁珠結合抗體的步驟中，體系在垂直搖動時不流動正常嗎？

答：正常，為了提高抗體磁珠結合效率，需要較小的結合體系；盡管搖動時肉眼觀察不到溶液流動，但是磁珠一直在浮動的，也不會發生沉降。