服務介紹

通過oligo-dT磁珠捕獲帶polyA尾的RNA進行建庫測序，可研究mRNA差異表達或檢測結構變異，篩選與疾病或性狀相關的分子標記，還可揭示轉錄組的復雜性，確定基因以及轉錄本結構、可變剪接、RNA編輯、帶polyA尾的非編碼RNA和新轉錄本。

mRNA測序技術路線

測序方案

上機平臺：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus 

測序模式：PE150

測序數據量：5 Gb raw data

生物信息分析

原始數據質控檢查

比對結果質控檢查

基因覆蓋度分析

基于基因表達的樣品主成分分析

基因表達分析

差異基因表達分析

差異基因GO功能分析

差異基因KEGG通路分析

差異基因Rectome通路分析

針對mRNA基因的GSEA分析

可選分析

可變剪切分析（測序數據量為12Gb）

部分結果示例

圖1.差異表達基因熱圖展示

圖2.差異表達基因KEGG通路富集圖展示

圖3. mRNA的GSEA分析毛毯圖展示

圖4. 單個可變剪切事件sashimi plot

圖5. 可變剪切事件數目統計展示

Table1. mRNA-seq原始樣本送樣建議

Table2. mRNA-seq RNA樣本送樣建議

*更具體的送樣方法請咨詢銷售或技術支持

物種范圍：人、小鼠、大鼠，擬南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等真核生物，其他物種詳詢銷售或技術支持

Q1：所有真核生物都能做mRNA測序嗎？

A1：真核生物mRNA含有poly-A尾，我們目前常用于富集真核生物mRNA的方法就是采用附著poly-T oligo的磁珠從total RNA 中抓取mRNA，進行建庫測序。所以理論上說，所有的真核生物都能進行mRNA測序。

如果是非常規物種，建議客戶提供物種的拉丁名，進行評估，如物種參考基因組的注釋信息足夠開展分析，是可以做的。

Q2：為什么mRNA測序對RNA的完整性要求比全轉錄組測序的高？

A2：mRNA測序建庫是用磁珠捕獲帶polyA尾的RNA（大部分是mRNA）進行建庫的，如果RNA的完整性較差，部分mRNA降解，polyA尾斷開，能捕獲到的mRNA相對完整性好的樣本要少，基因的覆蓋度相對就較差。因此對RNA的完整性要求更高。

Q3：mRNA-seq 是否可以檢測非編碼 RNA？

A3：mRNA-seq 主要捕獲帶有 poly(A) 尾巴的 RNA 分子，因此，所有帶有 poly(A) 尾巴的分子理論上只要在細胞中表達都有可能被檢測到，主要包括：1）mRNA；2)帶 poly(A) 尾的 lncRNA。