服務(wù)介紹

廣義的翻譯組指直接參與翻譯過程的所有元件，包括但不限于核糖體、正在翻譯的mRNA、調(diào)控性RNA、新生肽鏈及各種翻譯因子等；狹義的翻譯組特指正在翻譯的mRNA。Ribo-seq是指對被核糖體保護(hù)的30nt左右的mRNA片段進(jìn)行深度測序分析，是目前研究翻譯組學(xué)的主要技術(shù)手段之一。

核糖體印跡測序技術(shù)路線

測序方案

測序平臺：Illumina Novaseq X Plus

測序模式：SE150
測序數(shù)據(jù)量：30 M raw reads

人類心臟翻譯組學(xué)研究

The Translational Landscape of the Human Heart

Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010（IF：36.216）

測序策略：Ribo-seq & mRNA-seq

樣本分組：80例心臟組織，65例心肌病，15例正常對照

本研究對65例擴(kuò)張性心肌病（DCM）患者左心室心肌組織和15例正常對照者的左心室心肌組織進(jìn)行mRNA測序（mRNA-seq）及核糖體印跡測序（ribo-seq），分析了DCM與健康對照組被翻譯的RNA分子總體情況，結(jié)合之前一項(xiàng)心臟組織蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)，系統(tǒng)分析了左心室心肌組織中被翻譯的ORF和對應(yīng)的蛋白或多肽的總體信息。共發(fā)現(xiàn)1090個(gè)uORF、 20763個(gè)傳統(tǒng)的ORF以及74個(gè)dORF。還包括了來自于169個(gè)lncRNA 的339個(gè)sORF（圖1）。此外，本文通過分析ribo-seq數(shù)據(jù)中被核糖體捕獲的circRNA接口序列找到了40個(gè)可翻譯的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的條件是不少于9nt的跨接口堿基，在不少于3個(gè)樣本且總Reads數(shù)不少于5個(gè)的才算有效的可翻譯circRNA（圖2）。這40個(gè)circRNA來自39個(gè)基因，其中有6個(gè)circRNA的翻譯產(chǎn)物在早期的蛋白質(zhì)組學(xué)研究中有對應(yīng)的質(zhì)譜線索。40個(gè)circRNA中也不乏大家耳熟能詳?shù)拿餍欠肿樱–DR1as等等。其中circCFLAR，circSLC8A1，circMYBPC3和circRYR2是首次發(fā)現(xiàn)的心肌中可被翻譯的circRNA分子。

Figure1. 心臟翻譯組學(xué)研究概覽

Figure2. Ribo profiling分析可翻譯的circRNA分子

生物信息分析

基礎(chǔ)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查

比對結(jié)果質(zhì)控

reads 在基因組上的分布分析

基因覆蓋度分析

翻譯圖譜刻畫：P-site定義確認(rèn)

翻譯圖譜刻畫：ORFs統(tǒng)計(jì)與對應(yīng)的氨基酸序列分析

高級分析

翻譯組差異基因表達(dá)分析

翻譯組差異基因GO功能分析

翻譯組差異基因KEGG通路分析

翻譯組差異基因Rectome通路分析

circRNA翻譯事件識別分析

翻譯組差異circRNA宿主基因GO功能分析

翻譯組差異circRNA宿主基因KEGG通路分析

翻譯組差異circRNA宿主基因Rectome通路分析

翻譯組差異circRNA的靶向miRNA預(yù)測分析

翻譯組差異circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控制圖

差異circRNA翻譯潛能預(yù)測分析

個(gè)性化分析

TE翻譯效率分析

差異TE基因表達(dá)分析

差異TE基因聚類分析

差異TE基因GO/KEGG富集分析

部分結(jié)果示例

圖1. P-site 評估樣圖

圖2. ORF類型數(shù)量統(tǒng)計(jì)圖

圖3. Riboseq差異表達(dá)基因的火山圖

Table1. Ribo-seq原始樣本送樣建議

*翻譯組測序的細(xì)胞樣本處理方法和轉(zhuǎn)錄組測序不一樣，具體處理、保存和運(yùn)輸方法請咨詢技術(shù)支持。

物種范圍：人、小鼠、大鼠，其他物種請?jiān)斣冧N售或技術(shù)支持