服務(wù)介紹

利用circRNA對(duì)RNase R的耐受性從而富集circRNA，去rRNA后進(jìn)行鏈特異建庫(kù)，采用Illumina平臺(tái)對(duì)circRNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，通過生信分析得到circRNA的表達(dá)結(jié)果。

circRNA測(cè)序技術(shù)路線

測(cè)序方案

測(cè)序平臺(tái)：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

測(cè)序模式：PE150

測(cè)序數(shù)據(jù)量：10 Gb raw data

人喉鱗狀細(xì)胞癌中circRNA的RNA-seq表達(dá)譜

RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86（IF：6.204）

測(cè)序策略：circRNA測(cè)序（RNase R+）

樣本分組：10例，5例腫瘤組織（2例高分化，3例中分化），5例正常組織

人喉鱗狀細(xì)胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮組織的惡性腫瘤，是頭頸部腫瘤中惡性程度非常強(qiáng)的腫瘤，世界范圍內(nèi)每年發(fā)生率占比2.4%，近年內(nèi)還有逐漸增加趨勢(shì)。本研究主要關(guān)注circRNA在LSCC疾病中的表達(dá)情況。研究者選擇10例LSCC患者臨床組織標(biāo)本（2例高分化、3例為中分化、 5例正常）進(jìn)行RNA高通量測(cè)序，分析樣本中circRNA表達(dá)情況。共鑒定出21444個(gè)circRNA，其中在LSCC樣本中顯著上調(diào)的circRNA 29個(gè)，顯著下調(diào)circRNA 19個(gè)，進(jìn)一步結(jié)合臨床特征（高分化，中分化和正常）進(jìn)行分類，將差異表達(dá)circRNA縮小到18個(gè)和5個(gè)（圖1）。CircRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)分析，發(fā)現(xiàn)20個(gè)失調(diào)控circRNA與多種腫瘤相關(guān)的miRNA相關(guān)，信號(hào)通路KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)，過氧化物酶體PPAR、軸突導(dǎo)向、Wnt和細(xì)胞周期通路與LSCC密切相關(guān)（圖2）。隨后的qPCR驗(yàn)證結(jié)果顯示（圖3），has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好區(qū)分LSCC標(biāo)本和正常標(biāo)本，表明circRNA可作為L(zhǎng)SCC潛在的理想標(biāo)志物。

圖3 hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648在10對(duì)LSCC腫瘤樣本及正常樣本中的Q-PCR驗(yàn)證

生物信息分析

基礎(chǔ)分析

原始數(shù)據(jù)質(zhì)控檢查

比對(duì)結(jié)果質(zhì)控檢查

基因覆蓋度分析

circRNA預(yù)測(cè)及鑒定

circRNA序列預(yù)測(cè)

基于circRNA表達(dá)的樣品主成分分析

高級(jí)分析

circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的GO功能分析

差異circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差異circRNA宿主基因的Rectome通路分析

差異circRNA的靶向miRNA預(yù)測(cè)分析

差異circRNA及靶向miRNA網(wǎng)絡(luò)調(diào)控制圖

部分結(jié)果示例

圖1. 根據(jù)不同的基因組位點(diǎn)（外顯子、內(nèi)含子、反義、基因內(nèi)和基因間）對(duì)表達(dá)差異顯著的circRNA進(jìn)行分類

圖2. 繪制火山圖、Circos圖揭示每個(gè)circRNA在人類染色體上的位置

圖3. 熱圖、火山圖分析circRNA的表達(dá)差異倍數(shù)

Table.circRNA-seq原始樣本送樣建議

Table.circRNA-seq RNA樣本送樣建議

*更具體的送樣方法請(qǐng)咨詢銷售或技術(shù)支持

物種范圍：人、小鼠、大鼠等哺乳動(dòng)物，擬南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等植物，其他物種詳詢銷售或技術(shù)支持

Q1：circRNA測(cè)序與全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有什么不同？

A1：全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序采用去rRNA鏈特異性的建庫(kù)方式，數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含了mRNA、lncRNA及circRNA全部信息，數(shù)據(jù)質(zhì)量較好。CircRNA測(cè)序采用去rRNA去線性鏈特異性的建庫(kù)方式，通過RNase R 消化線性RNA從而富集circRNA，對(duì)建庫(kù)起始量要求較高（一般大于2μg），測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量較全轉(zhuǎn)錄組稍差，但可將circular junction reads數(shù)提高10倍以上，更適合專注circRNA研究的項(xiàng)目。