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  • ChIP-seq

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    通過超聲或酶處理將染色質隨機切割,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,再通過反交聯釋放結合蛋白的DNA片段,最后對目的DNA片斷進行純化與文庫構建,通過高通量測序的方法獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

    56 ChIP測序.png

    染色質免疫共沉淀測序技術路線



    測序方案


    測序平臺:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

    測序模式:PE150

    測序數據量:8-10 Gb raw data





  • 生物信息分析

    基礎分析

    測序數據質量評估(堿基質量評估、序列質量評估)

    比對結果質控檢查

    測序reads全基因組分布圖

    結合峰peak鑒定

    結合峰基因元件分布可視化

    富集peak的motif分析

     

    高級分析(有不同處理條件分組樣本)

    差異結合峰檢測分析

    差異結合峰相關基因GO功能富集分析

    差異結合峰相關基因KEGG生物通路富集分析

    差異結合峰相關基因Reactome通路分析

     

    部分結果示例

    圖片1.png

    1. peak 在轉錄起始位點上下游 3kb 的平均覆蓋度


    2. peak 在染色體上的分布圖


    3. De novo motif 分析結果




  • Table1.ChIP-seq DNA樣本送樣建議

    送樣類型

    送樣量

    濃度

    純度

    ChIP DNA/ChIRP DNA

    ≥20ng

    ≥0.2ng/μl

    無蛋白污染


    *更具體的送樣方法請詳詢銷售或技術支持


    物種范圍:人、小鼠、大鼠,其他物種請詳詢銷售或技術支持



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