服務介紹
通過超聲或酶處理將染色質隨機切割,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,再通過反交聯釋放結合蛋白的DNA片段,最后對目的DNA片斷進行純化與文庫構建,通過高通量測序的方法獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
染色質免疫共沉淀測序技術路線
測序方案
測序平臺:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus
測序模式:PE150
測序數據量:8-10 Gb raw data
生物信息分析
基礎分析
測序數據質量評估(堿基質量評估、序列質量評估)
比對結果質控檢查
測序reads全基因組分布圖
結合峰peak鑒定
結合峰基因元件分布可視化
富集peak的motif分析
高級分析(有不同處理條件分組樣本)
差異結合峰檢測分析
差異結合峰相關基因GO功能富集分析
差異結合峰相關基因KEGG生物通路富集分析
差異結合峰相關基因Reactome通路分析
部分結果示例
圖1. peak 在轉錄起始位點上下游 3kb 的平均覆蓋度
圖2. peak 在染色體上的分布圖
圖3. De novo motif 分析結果
Table1.ChIP-seq DNA樣本送樣建議
送樣類型 | 送樣量 | 濃度 | 純度 |
ChIP DNA/ChIRP DNA | ≥20ng | ≥0.2ng/μl | 無蛋白污染 |
*更具體的送樣方法請詳詢銷售或技術支持
物種范圍:人、小鼠、大鼠,其他物種請詳詢銷售或技術支持